下のプログラムを作って見たのですが「多角形描画」を一度使うと配列が破壊されるのでうまく動きません。原因は
https://github.com/kujirahand/nadesiko3/blob/master/src/plugin_browser_canvas.js
183, 186行目で shift を使っているからだと思います。クイックハックとしては182行目のすぐ後に
var b = a.concat();
などを追加して、こちらのコピーした変数 b を使えば直ると思います（未確認）。
P = [[0,50],[50,0],[100,50]]
Pで多角形描画。
Pを反復
P[対象キー][0] = P[対象キー][0] *2 +100
P[対象キー][1] = P[対象キー][1] *2 +100
ここまで。
Pを表示
Pで多角形描画。