v3.2.47 の場合ですが、fs-extra が消えることはありませんでした。一方でインストールされる nadesiko3-webscoket が古かったです。packages.json の先頭が下記でした:
{
"_from": "nadesiko3-websocket",
"_id": "nadesiko3-websocket@0.0.3",
"_inBundle": false,
"_integrity": "sha512-nPR/Hk3sewzkyLQZPJpLPUyHNmGSaGp2s8LpMRkJsqPuW1E78+nBa/KhpAf6W7uyYwSxP8vGpytbvsoCCVZ1NA==",
"_location": "/nadesiko3-websocket",
"_phantomChildren": {},
"_requested": {
"type": "tag",
"registry": true,
"raw": "nadesiko3-websocket",
"name": "nadesiko3-websocket",
"escapedName": "nadesiko3-websocket",
"rawSpec": "",
"saveSpec": null,
"fetchSpec": "latest"
},