別途シェルスクリプトを作って、cnako3を呼ぶ直前に、-cを-fileなどに置換して呼び出すのが正攻法です。
なお、参考までに、cnako3のリンク先を見ると、src/cnako3.jsとなっていると思います。
そこで、cnako3.jsをコピーして、cnako3hoge.jsなどを作っておいて、
cnako3hoge.js の以下の行を削除すれば、-cを無視するようになります。
https://github.com/kujirahand/nadesiko3/blob/d263fe54066a2ddf314328230fd577714dc08ca3/src/cnako3.js#L42
頑張ってください！