サーバにファイルとして存在するかどうかと、ブラウザからアクセスしてそのファイルが参照できるかどうかは、全く別の話ですよ。
ブラウザから使うわけではなく、サーバ内で動くかという話ならば、nodejsに閉じた話です。ここにplugin_browserは出番はありません（plugin_browserはブラウザ上で動くファイルです。が、buildした際に/release/wnako3.jsに内包されます。）
多くのWebサービスはサーバ側、ブラウザ上の両方でのプログラムの開発が必要です
まず、
・Linuxにhttpdサーバを立ち上げられるかどうか、または、nodejsで代用してweb serverを立ち上げるのかどうか。
・そのhttpから提供するサービスは、どんな環境で構築するのか、phpなのかjavaなのかdot.netなのかnodejsなのか。
・nodejsで使う場合には、選択肢として「なでしこv3」のnodejs版を使うという選択肢もある（多くの選択肢の１つとして）
が、サーバ側の話です。
それらを適切に選択することで、サーバ側の環境で出来上がります。それぞれの選択肢には向き不向きがあります。
※なでしこv3のデモで立ち上がるサーバ側の実装は、あくまでもブラウザで動くなでしこv3を簡単に見せるためのデモでしかありません。
宣伝したい商品を撮影するための、書割の背景に近いものです。同じようなものが必要ならば、同じようでいてちゃんとしたものを準備する必要があります。
次に、ブラウザで動作する何らかのサービスを提供する場合、はじめて、ブラウザ版のなでしこv3を使うかどうかという話が出てきます。
plugin_browserを使う使わないが出てくるのはここです。この辺は、なでしこ３貯蔵庫に登録されているプログラム群を見るように、
色んな事が可能です。
※大半は「ブラウザ上でサーバと関わらず」動作するプログラムです。サーバ側をどうするのかは先に書いた通り、別で検討・実装しなければなりません。
Webにて何かサービスを提供する構成を、サーバのハードごと準備する という手順自体は他と大差ありませんので、まずは、その辺を中心に調べてみはいかがでしょうか。
その手順のなかでは、中盤から後半ぐらいまでは、なでしこv3をどこに入れてどう使うのかというところまで、出てこないと思います。