こんにちは、chocoです。
他のメーラーを併用して、原因を探ってみました。
1.なでしこでメールを受信、「メール受信時削除は、はい」にしておく。
2.受信フォルダを常に同じ物にする。
3.メール受信後に受信フォルダ内に「UIDL.TXT」が作成されているのを確認する。
4.その後、他のメーラー(電信八号)で同じアカウントのメールを受信すると受信メールはありませんでした。
5.受信フォルダを新規に作成して、なでしこからメール受信をすると削除したはずのメールが全件受信される。
6.3で受信したフォルダ内の「UIDL.TXT」を新規に作成したフォルダにコピーする。そのフォルダを受信フォルダにして、なでしでメール受信をしてみると受信メールはありませんでした。
以上の結果から、メールサーバー内にある削除フラグがついたメールは受信しないようですが、「UIDL.TXT」に記録されたメールから受信済みかどうかを判定しているため、受信フォルダは常に同じ物を利用する必要がありそうです。
尚、「UIDL.TXT」に記載されたメールとサーバー内のメールを照合してから受信開始となるのでメールの件数が2000件近くなると大幅にパフォーマンスが悪くなりました。
受信フォルダを日付で分けている人もいそうですから、「UIDL.TXT」の取り扱いは要注意ですね。