以下、サードパーティのサイトの引用です。
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実行をブロックされないようにするためには、署名のあるなしにかかわらずソフトウェアの利用実績を積んで一定の評価をクリアするか、EVコードサイン証明書での署名を行うことで最初から高評価を得る必要がある。利用実績を積んでいくというのは難しいので、新規ソフトウェアでブロックされないためには、EVコードサイン証明書を利用することになる。
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（
https://mag.osdn.jp/15/11/16/113000 より）
今も同じような条件ならば、「なでしこ本体がブロックされた」のか、「配布用に生成した実行ファイルがブロックされた」のかで対策は変わりそうです。
前者ならば、なでしこの現バージョンの配布が進めば自然と解決する可能性があります。
後者の場合、そのアプリの作成者が、自身で配布実績を上げて、自分自身で評価を得るしかありません。これは、なでしこを使用したかどうかにかかわらず、どの開発環境を用いても同じということになります。
後者の回避策としては、「独自の実行ファイルを生成しない」です。今は１つの実行ファイルにアーカイブできて配布しやすいですが、これがあるため、なでしこ本体の評価がなでしこを利用したアプリの実行時に用いられてない可能性があります。
作成したアプリを、実行ファイル＋アーカイブファイル的な配布形態が必要かもしれません。
実行ファイルは、普通のvnakoにその機能を組み込む(アーカイブファイルがあったらアーカイブファイルモードに切り替わる)か、別ファイルにしておくかのいずれかになりそうです。