私も同現象が発生します(デラックス版1.546)が、とりあえず次の方法で対処しています。参考にしてください。
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母艦の終了可能はオフ
母艦の閉じた時は
「終了しますか？」と二択
もしそれがはいならば
ダイアログ表示時間は1
「30秒後に終了します。」と言う
6回
OLDシステム時間=システム時間
1の間
もし(OLDシステム時間+4*1000<システム時間)ならば抜ける
ダイアログ表示時間は1
「あと{30－回数×5}秒で終了します。」と言う
母艦の終了可能はオン
終了
違えば
「終了をキャンセルしました」という
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