Win32APIに、BlockInputという機能があり、マウスとキーボードからアプリケーションへの入力を一括してブロックできるようです（個別の設定は不可）
もし、これが希望に沿うようであれば、利用してみてください。APIを使うメリットとして、「何らかの原因（バグを含む）で操作不能に陥る」という可能性はかなり抑えられと思います。
なお、このAPIを利用するプロセスが管理者権限で実行されている必要があります。
宣言は以下です。
●BlockInput(fBlock)=DLL("user32.dll",
"BOOL BlockInput(
BOOL fBlock
)")
基本的な使い方は、BlockInput(1)で操作禁止、BlockInput(0)で操作可能です。そして、0以外が返ってきたら成功、0が返ってきたら失敗です。詳しい仕様はmsdnを参照してみてください。