もう１つのツリーとは別で3つ確認です。
１．キーボードからの操作はそのままで大丈夫でしょうか？
禁止した場合、本当にロックアウトされる可能性があるため、ちょっと危険ですが（キーボードが禁止されてなければ、Alt+F4等で逃げらられる可能性がある）
２．なでしこの実行中にエラーが発生した場合、継続か終了のダイアログが出ると思いますが、マウスの移動を禁止していた場合は、操作不能になったりはしないでしょうか？（Lisさん作成のDLLでどうだったかを教えてもらえると助かります。Pluginにした場合、アプリケーションの終了は捕まえられるので禁止を解くことはできるのですが、エラーを補足できるかが不明のため。）
３．結局のところ、自動実行中はパソコンは使えないことになってしまうと思いますが、それでも禁止するメリットはあるということで良いですか？（マウスや机にぶつかっても大丈夫とか？）