ことなる考え方がある(そして、そちらのほうがメジャーらしい)というのは何となく把握していますが、オープンソースのプロジェクトをお手伝いしている という立場からすると、気の乗らないまま実装する ということはないです。
また、製品としてのなでしこについては、私からは何も言える立場にありません。
他の開発者の人が作成するのをやめさせようとかはありあせんし、作者本人がなんらかの判断を下したらその方向に向かうと思います。
なお、グローバルフックを使用した方法の場合、以下のいずれかでうまくゆかないのかも知れません（未確認。DLLももう掲載されてないような？）
・権限が異なる。特に一般ユーザで動くプロセスから特権で動くプロセスへは情報を送れないという制限がある（おそらく、これができると、特権を乗っ取るのと同じことができてしまうため。）
・32bits/64bitsが異なる。DLLを差し込むことで動作する仕様上、32/64が異なるとダメなような気がする。
処理の自動化には興味が無いわけでもないのですが、実装するところまでは調べきれていませんし、もう１つの心配事として、いわゆるオンラインゲームやソーシャルゲームのマクロツールのベースになったらやだなぁ というのがあります（これもものすごく個人的な話です。）
もう１つ、気になっている点です。
本当に、システム全体でのロック（マウスやキーボードからの操作の禁止）は必要でしょうか？
例えば、自動制御したいアプリケーションにのみ、ユーザが操作する内容（マウスイベントとキーボードイベント）が伝わらなければ良いということはないのでしょうか？
特定のアプリケーションを指定してイベントを止めた場合、通常のマウスやキーボードからの操作を真似する命令の代わりに別の専用の命令を使わなくなる可能性もある（本物のマウスはユーザが任意に動かすため）のですが、全体をロックしないのであれば、処理の自動化に見合う範囲の機能と考えています。
いまのところ、システム全体でロックすることの必要性がいまいち把握できていません。
全体を一律ロックしてしまうのは、簡単で分かりやすいけど、目的に見合わない強すぎる機能 と考えています。
ただ、ログインが管理者権限を持っていない場合に、自動処理で管理者権限作業を行う等、ユーザからの操作を完全に禁止する必要がある場合もあるにはあります（なでしこで可能かどうか不明ですが・・・）
（誤字修正と、もう１つ以降を追記）