手前味噌の宣伝になりますが、こういうものもあります:
[1. 使い方 - nakomake - 解説 - Site Untitled]
http://www.undefin.net/nadesiko/xpln/lesson/L1-1
nakomake を使えば、通常版のなでしこの"実行ファイル作成作業"を bat/nako
ファイル化することができます。一度作ってしまえば以降の実行ファイル化作業が
ダブルクリックだけで済みます。梱包ファイル指定や、通常版レベルでの難読(暗号)化
などのオプションも設定できます。
デラックス版相当の実行ファイル作成に対応していないのは難点ですが、
通常版相当の実行ファイル作成の自動化はかなり楽になりますよ！
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で、nako ファイルごとに実行ファイルのオプションを記録しようとすると、
その nako ファイルにコメントとしてデータを記述することになる訳ですが……
（エディタのデフォルトの【実行モード】を gnako/cnako に切り替えるみたく）
！梱包ファイルは…
のような形でもいいと思いますが、それはスクリプトを実行するときには関係ない
命令文になってしまうので、形式を決めてコメントの中に記録することになるかと。