こんにちは。
対応ご苦労様です。
意見を3つ述べます。
1.暗号化の対応はとても難しいかと思いますし、デラックス版ではない方にはソース暗号化の機能はつけなくて良いのではないでしょうか。
2.そもそも、「誰でも簡単プログラマー」をキャッチフレーズとするなでしこに、暗号化の機能は無くても良いのではないでしょうか
3.「exeをエディタで開くとソースがそのままという状態は避けたい」という程度の要件に対しては、「暗号化」(絶対に解読できなくする)ではなく、「難読化」(カンタンには読めなくする)という形で機能を提供すれば良いのではないでしょうか。
P.S.
ちなみに、対象の記事については、著作権法第百二十条の二あたりにふれているようにも読めます(私の勘違いかもしれませんが)。一度弁護士さんや警察に相談してみていただくことも検討されてはいかがでしょうか。