私の場合も、最新版（1.5322）をダウンロードして利用したところ、メール削除ができないようです。
【サーバー環境】
OS：Red Hat Enterprise Linux 3
POP：postfix
【ローカル環境】
OS：WindowsXP SP3
【以下ソース】
メールホストは「xxx.xxx.xxx.xxx」//会社の外部アドレス
メールIDは「xxxx」
メールパスワードは「xxxxr」
メールオプションは「」# 必要ならば「APOP」を。
メール受信時削除は、はい
※yahooメールではなく、通常のメールです。