調べてみたんですが・・・
分かりません、僕の力では無理ですorz
暗号化の絡みであることは間違いないと思うのですが・・・
どうも実行ファイル作成そのものではなくて、ランタイムかplug-insの所為のような気がします。
(旧バージョンで実行ファイルにしてある nakomake で実行ファイル作成しても同じことになる。
nakomake のパックファイル作成は旧バージョンのままなので、これは原因でなさそう。
つまり、vnako.exe とか読み込む dll 類の影響しか考えられないのだけれど・・・)