カードリーダー側がHID（キーボードエミュレーション）対応って書いてある機種？じゃないとダメかもしれません
書いてない場合は
・別のソフトで読ませてファイルに追記させ、なでしこはファイルを見て正常に打刻されたことを画面にだす係にする
・カードを読むDLLを扱える人がここに降臨するのを待つ
・対応のカードリーダーを買う
くらいしか思いつきませんすみません。
＞「出勤モードになるカード」「退勤モードになるカード」
こちらはカードリーダーといっしょに備え付けで置いておくイメージです。
プログラム側に「出勤モード」「退勤モード」の二つがあって、備え付けのカードで切り替える感じ。
でもなでしこを使うなら「母艦のキー押した時」や「押されたマウスボタン」で十分な気がしてきました。