そもそもVistaは、XP以前のOSとのソフト・ドライバレベルでの互換性の低さが以前から指摘されています。
問題なく双方で動いているソフトがあることは事実ですが、現状においては、XPとVistaの間でソフトウェアの完全な互換性を求めるのは無理でしょう。上手くいけばそれでよし、ダメだったらVistaのせい。なでしこの問題ではないと思います。
ちなみに私は、Windows2000で開発したなでしこソフトで、Vistaにして動かなくなったものは１本もありません。
症状を見る限り、クジラ飛行机さんも仰っているとおりインストールが破損している可能性も低くありませんので、再インストールして試してみることをお勧めします。
また「終了」行の直前でエラーが出る、というのは私も経験していますが、chocoさんも仰っているとおり、それ以前に行った処理でどこか問題があり(これ自体はなでしこのバグかもしれませんが)、それが終了時に露見している、という場合がほとんどです。
もし古いバージョンが残っているのでしたら、それをVistaで動かしてみてください。古いバージョンが問題なく動くとすれば、それ以降に変更した部分に何らかの問題があるということですので、そこを重点的に見てみると何か分かるかもしれません。
なお、以前に私は、プログラムに「画面クリア」を追加した途端に、終了時にメモリエラーを吐くようになったことがあります。最新版では発現しませんでしたが、このように全く問題なく見える部分に実は原因がある、ということがありますので、そこは考慮しておいてください。