アルファベット＆MS-IME2000で実験したところ、
「Hello Nadesiko!」→「H e l l o N a」
となったので、もしやと思いメモ帳でUnicode→ANSI変換をやってみました。
するとやはり、
「Hello Nadesiko!」→「H e l l o N a d e s i k o ! 」
「なでしこは日本語プログラミング言語です」→「j0g0W0S0o0蘰,g條ﾗ0・ｰ0・ﾟ0・ｰ0 萱拡0Y0」
となり、なでしこでの化け方とほぼ一致しました。
文字列がUnicodeでIMEに渡されて、IME側がそれをANSIとして再変換していると思われます。
なお、MS-IME2007では少し症状が異なり、アルファベットの場合は先頭の1文字だけ再変換(化けない)、日本語は2000と同じ化け方をします。
2000と2007では渡された文字列の内部処理が違うのかもしれません。
参考になればいいのですが…。
追記：
メモではなくUメモを使うと再変換でも化けなくなりました。
バグとしては直していただきたいのですが、こりゃ代替方法が出来ちゃったぞ…？
追記２(05/29)：gnakoでは発生しないようです。
VCLの問題ということになるのでしょうか？