こちらはWinXPproSP3、MS-IME Std2002 Ver.8.1です。
入力システムに関係ありそうな変更点としてMicrosoftのJIS Xパッチと
WindowsLiveメッセンジャーのIME無効化バグ対応用パッチがインストールされています。
どちらもMicrosoft公式のパッチですが
後者がMicrosoftUpdateからインストールしたわけではないKBなので怪しい気がします(笑)
http://help.jp.msn.com/maintenance.aspx#20090310_Messenger_Kana
エディタへの入力内容によって発生したりしなかったりするので
漢字とカナと改行を含む複数行の文字列で試してみてください
こちらで実験したコードと文字列を貼り付けておきます
こちらの環境での再現率は100%です
【実証コード】
テストとはメモ
テストのレイアウトは「全体」
【サンプル文字列】
なでしこは日本語プログラミング言語です
【再現方法】
上記「サンプル文字列」を実証コードのメモに貼り付けて
「日本語」という文字を選択して再変換