「言う」等のダイアログは『母艦に対して』センタリングされて表示されます。
>母艦をオンにすると問題はありません。
とのことですが、ダイアログの画面全体に対しての位置は、ずれていたのではないでしょうか。
基準となる母艦の位置は(表示されてはいませんが)
起動される毎に重ならないように少しずつずらして設定されます。
これはWindows側の標準動作で、なでしこに限った話ではありません。
回避案：
プログラム開始時に母艦の位置を設定してしまう。
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●母艦設計
母艦の位置は「0,0」
母艦の可視はオフ
「これはテストです。」と言う。
終わる。