パネルやフラット指定した画像ボタンの背景が透過されるかどうかは
Windowsにおいて明確に決められておらず、環境差がありました。
(使ってるテーマやOSのバージョン、グラフィックの描画方法により
もともと表示が異なるようです。)
なので、vnakoで利用できるラベル以外の部品の透明性は
ソフトウェアの設計に組み込まないほうがいいようです。
とはいえ、単なる背景色の指定のために
ごちゃごちゃ装飾機能を付加した現在のパネルよりも
シンプルなWindows純正に近いパネルのほうが気分がいいのも事実ですね。