windowsAPIで正しいハンドルを指定できていなかった？
が原因のようです＾＾；
母艦ハンドルや、フォームのハンドルに「その」を多用したのが原因です。
普通は、命令「終わる」で大概のものは終了もしくは、エラーメッセージを吐き出すのですが、WindowsAPIに対してのものだったので、「終わる」命令後もプロセスが残ってしまうようです。
その為、プログラムを実行する度にプロセスに残ってしまい、ボロボロになったようです。
「終わる」命令後にプロセスが常駐しているとは思っていなかったのと、なでしこのバージョンによって挙動が変わっていたので原因がなかなか判明しませんでした。
しかし、バージョンによって実行ファイルが作成できる、できないについては原因不明のままです。
一応、私方では無事に動いたので解決にしておきます。