停止ボタンを押すと、ウィンドウクラスがTfrmNakoのウィンドウすべてに対してCOPYDATAで"break"を送信するようです。
実行プログラムになにか目印を付けておいて、目印つきだけを対象にできればよさそうですね。
"-debug"という引数はあるのですが、エディタハンドルを指定するのにも使っているため区別できませんね。
例えばランタイムに"-userprog"みたいな引数を増やすというのはどうでしょうか。
いっそのこと"-debug"をエディタハンドルの指定に使わないようにしたほうがいいかもしれませんが…