WindowsXPですが、アイコンの書き換えを行ったら
「C:\Program Files\nadesiko_lang」のvnako.exe本体のアイコンまで書き換わってしまいました。
もしかすると、内部的に書き換え処理は
１：vnako.exeのアイコンを書き換え
２：パッケージング
なのかもしれません。
そうだと仮定すると
vistaはプログラムファイルフォルダのファイルの書き換えに
プロテクトがかかることがあるので
そのせいで書き換わっていないのかもしれません。
その場合、アイコンの書き換えは
１：vnako.exeのコピーを個人用の作業フォルダに作成
２：作業フォルダのvnako.exeのアイコンを書き換え
３：パッケージング
という手順にしたほうがいいと思います。
今のままではいずれvnako.exe本体も壊れてしまうように思われます。