LSIさん、こんにちは。
たしかにうまく変換できないですね。
語尾の「n」が「ん」にならないのは比較的はっきりした問題なので、がんばれば対応できそうな気がします。
「かんいほけん」は、ちょっとやっかいそうですね。
「カナローマ字変換」と「ローマ字カナ変換」は可逆的に変換できて欲しいところではあるのですが、なかなか単純にはいかなさそうです。
「かんいほけん」をローマ字に変換するとして、正しい変換は何になるのか…？「kanihoken」？「kannihoken」？
「かんにほけん」をローマ字に変換するとして、正しい変換は何になるのか…？「kannihoken」？「kannnihoken」？
基本的には、何らかの規定に基づくべきでしょうねぇ。
ただ、しっかりした規定があっても、それが一般的に浸透していないと結局わかりずらかったりして、それはそれで不便になってしまう恐れもあるかもですが。
スペースを置くことができれば、ロジックはだいぶんラクになりそうですけど。
「かんいほけん」なら、「ka n i ho ke n」みたいな感じで。
う～ん、とりとめがなくなってしまいました…。
とりあえず、Wikipediaあたりを読んで考えてみたいと思います。
ローマ字 - Wikipedia
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%9E%E5%AD%97
あと、できればクジラさんの意見もうかがいたいところですね。