シート削除に限らず、置換などでも
警告ダイアログが表示されるために
処理がストップします。
Application.DisplayAlertsなどを
使って警告を無視できる命令があれば
いいのかなと思います。
例：エクセルシート強制削除
Sub Sheet_Delete3()
Application.DisplayAlerts = False
Worksheets("Sheet1").Delete
Application.DisplayAlerts = True
End Sub
クジラさんよろしく。