インストーラらしきものをmakeexeフォルダ内に見つけたので調べてみました。
すると、hi_unit/unit_archive.pas内にgetMainWinHandleという関数が見つかりました。
解凍するときにこれで得たハンドルをDLLに渡しているようです。
trunk/makeexe/hi_unit/unit_archive.pas 120行目
ArchiveWinHandle := GetForegroundWindow;
これが原因だと思います。
ちなみに、普通のランタイム用（trunk/hi_unit/）の該当部分を見ると、
// アクティブなウィンドウをロックしないように考慮
// ArchiveWinHandle := GetForegroundWindow;
となっていました。