返信ありがとうございます☆
・v1とv3は、別のフォルダにあります。
また、v1のSetupNako.exeを使ってインストールした物も、ただzipを解凍しただけの物も、同現象となります。（場所は関係なさげ）
・v3に.nakoファイルは関連付けておらず、また.nakoファイルを直接クリックした場合には問題なく動作するのですが、エディタの実行ボタンで実行しようとすると、node.exeが無いよというエラーを出します。（関連づけの問題ではなさげ）
・1.574だけで発生する問題で、1.572やそれ以前のバージョンでは問題が無いばかりか、一旦それらの旧バージョンのnakopad.exeを起動すると、1.574でも現象が消えますが、v3のnakopad.vbsを起動すると再び発生するようになるとゆうナゾ現象です。（何度も繰り返しましたが、毎回そうなります。win7 64bitです）
そんなわけで、旧バージョンのv1を一つ持って置いて、nakopad.vbsを使ったら、最新版のv1を使う前に一旦旧版を起動することで対処出来ますが、ともあれ、1.574からv1のnakopad.exeがv3のnakopad.vbsの影響を受けるようになってしまってるっぽく思われます。
しかし・・・コレはeznaviのBBSに質問として上がったので、うちでもお試ししてみた結果、こんな感じで間違いなさそうだったので、こちらに上げてみましたが、その方は質問消してしまわれたんですよねー。何かうまくいったのかなんなのか。
私は、v3はほとんどweb版しか使っていないから、困りませんが。