「なでしこv1」開発掲示板

なでしこの「WINDOWS終了」はshutdown.exeを起動しているようです。
shutdown.exeでは更新プログラムは無視してシャットダウンします。

代わりにInitiateShutdown関数で更新プログラムをインストールしてシャットダウン出来るようです(なでしこで実装できるかはわかりません)。
Vista以降限定ですが...
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa376872