グレーの「[EOF]」はEnd Of Fileのことで、プログラムの末尾であることを示します。
http://nadesi.com/cgi/bug/mbbs.php?m=thread&threadid=782
この画像のようにプログラムの末尾に必ず表示されます。多分消す方法はありません。
「正しいプログラムを実行しても全く動きません」はどのプログラムを書いたか明記するかスクリーンショットを貼らないと状況を理解できないので誰も回答できないと思います。
サンプルフォルダ(ファイル→サンプルフォルダを開く)にあるサンプルプログラムも動きませんか？