なでしこの最新版 2015/07/27 version 1.551 で実行ソフトEXEが作った場合に次の警告が出ます。
vnako.exeへドロップしてくださいという警告がでますが、ドロップしても症状はそのままです。容量も１Mバイト少ない実行ソフトが作られます。
ちなみにversion 1.550へ戻した場合は正常に動きます。
自分の環境Windows10 64bit版で、デラックス版です。
さらに詳しく症状を説明すると
実行ファイル作成時にオプションに全てチェックを入れた状態の場合は×。
難読化のチェックをふたつ外した状態、または全て外した状態では、作成できました。
そのため、以前のバージョンでソフトを作成しています。他の人も、もしかしたらこの現象は起きているかと思われます。