内部構造的にマルチスレッドに対応していないため、簡単なサンプルではうまく動くように見えても、実際に処理を書いたら動かないと思いますよ（メインスレッド以外のスレッドからは、なでしこの変数やユーザ定義関数や命令を一切使わないのなら、大丈夫 かも）
メインスレッドが何もしていない状態ならば、その間に他のスレッドが起動されて終了するということはできると思いますが、これならばユーザ関数の呼び出しと変わりません。
Plugin含めてすべて作り直せば対応できないことはないと思いますが、おそらく、「１から作り直した別物」になると思いますので、だれかが、「マルチスレッド版なでしこ」として、新たに作るのではない限り難しいのではと思います。
（そして、おそらく、マルチスレッドを考慮した実装にすると、シングルスレッドでの動作は遅くなります）
と、私は考えています。
もしくは、よい実装ほうほうがあれば、取り込まれるかもしれません。
基本的に、スレッド間で共有されるリソースが多いほど調整が大変になるので、完全に独立させてしまうのが１番単純にはなります。