いろいろ確認していました。
どうも、マーカーの四角が内側にずれているというより、枠線の下と右の辺が１ドットほど外側に描かれているっぽいです。
（四角命令などで、0,0から100,100とすると、実際には右と下は99の位置に描かれるのに合わせる形にする。いちおう、OS本体の標準的な動きです。）
トラック自体使ったことが無かったので、いろいろ試している中で気になったのは、横のマーカーをドラッグ中でもそのまま角のマーカーのところまでマウスカーソルを動かしてくると、角をドラッグした時と同様に高さまで変更できてしまうところです（ボタンを放ていないけど、塚見直し みたいな）。一般的なトラックはこうゆうもんなんでしょうか？