現象確認しました。
なでしこ標準のアイコンが大きなサイズのアイコンのため、設定に失敗していたようです。
（標準サイズか、大きなサイズかで内部の処理を変える必要がある）
ユーザがアイコンを設定した場合等、一律大きいか小さいかわからないケースもありそうなので、オプションを追加する方向で修正してみます。
予定では、アプリケーションのアイコンとして16x16の小さなアイコンを使っている場合は、「アプリケーションアイコン」のみで表示可能となり、それよりも大きなサイズのアイコンを使っている場合は「アプリケーションアイコン/ラージアイコン」の両方のオプションを指定する形になります。
蛇足。
アプリケーションアイコンの表示で使用している方法は、実際には任意のアイコンを表示可能な方法で、とりあえず、アプリケーション（かフォーム）に指定したアイコンを固定で設定しています。需要があれば、任意のアイコンを設定できるよう、機能を拡張することも可能です。