IEをコンポーネントとして使う場合の、レンダリングバージョンをレジストリから変更は以下の記事のような感じでしょうか。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/ie/cc787976.aspx
なでしこのばあい、vnako.exeを登録して切り替えることになりそうなんですが・・・この場合、他でもなでしこ(のvnako)を利用しているアプリケーションがあると、影響しちゃいますね・・・
自分で使うとか、社内の１部署でつかうとか、目の届く範囲であればよさそうですが、配布するような場合には厳しそうです。
自分で生成したhtmlを表示する分には、X-UAのメタタグで制御するのが安全な感じでしょうか。
レジストリではなく、個別に制御できるかどうかは、ちょっと調べてみます。