エラーメッセージからすると、メールの、「Content-Transfer-Encoding」のヘッダにて指定されているものが対応していない形式の場合で、かつ、「Content-Type」がtextでは無い場合のようです。
エラーとなっているメールにて、それぞれ何が指定されているかわかりますでしょうか？
（添付ファイルなどで複数のパートがある、個々のパートごとに、扱われます）
ちなみに、対応している形式は「base64」と「quoted-printable」の２種類です。
その他、RFCで定義されているもの(つまり、未対応のもの)として、、「7bit」「8bit」「binary」がありそうですが、該当していますか？（通常、7bitや8bitはtextの場合に使われるようです）