ただのエラー回避方法ですが、
実行ファイル以外を指定(1)すると報告されたようなエラーが表示されるようですが
実行ファイルのパスを含めて指定(2)すれば期待した動作をしてくれるので、
今回提示されたプログラムの場合、Windows7ならば(3)のように書けば起動待機が使えると思います。
（試してはいないのでできなかったらすみません。また実行には管理者権限が必要だと思います。）
//==1==
「3秒待つ。終了」を「test.nako」に保存
「test.nako」を起動待機
終了
//
//==2==
「3秒待つ。終了」を「test.nako」に保存
「{ナデシコランタイムパス} test.nako」を起動待機
終了
//
//==3==
「*.msi」でファイル選択
「{システムドライブ}\Windows\System32\msiexec.exe "{それ}"」を起動待機
終わる
//
こういう方法もあるというだけですので、そういうことでない場合は無視して下さい。