なでしこの実行ファイル生成にパックファイル方式を使っている以上、パックファイル用の暗号化では復号阻止は難しいのではないかと。
ソースコードをパクられたくないという思いは皆さん同じだとは思いますが、コンパイラ型言語ですら逆コンパイルされる時代です。ソースコードを内部に持つインタプリタ型のなでしこに、厳密なソースコード秘匿を求めるのはそもそもお門違いでは？
なでしこは、公式ページで述べられているとおり、「日々の定型処理に」使う「手軽な道具」であるはずです。それを考えれば、厳密なソースコード秘匿は本来の趣旨とは違うと思います。
ソースコード秘匿が可能ならば、それが最善であることは間違いありません。とはいえ、自ら開発に参加するならともかく、ただ要求だけ並べても説得力は無いでしょう。
なでしこはフリーソフトウェアであり、開発者の好意によって提供されているものです。いくらサポートが行われているからといって、早く直せと急かすのはマナー違反ではないかと。冷静に議論しながら、気長に待つべきでしょう。
バグ報告掲示板を見ても分かるとおり、なでしこには未解決の問題があります。個人的には、この問題よりも優先すべき事項があるように思います。